Η ΜΟΝΙΜΗ ΕΚΘΕΣΗ Η μόνιμη έκθεση εικονογραφεί θεματικούς κύκλους όπως η συναγωγή, το εορτολόγιο, οι παραδοσιακές ενδυμασίες, το Ολοκαύτωμα, ο κύκλος της ζωής και η ιστορική διαδρομή των Ελλήνων Εβραίων, πάντα σε άμεσο συσχετισμό με την ιστορική διάρκεια, τον κύκλο του χρόνου και τη ζωή των ανθρώπων.

ΟΙ ΠΕΡΙΟΔΙΚΕΣ ΕΚΘΕΣΕΙΣ Οι περιοδικές εκθέσεις του διερευνούν ζητήματα μνήμης, ιστορίας και ταυτότητας, δίνοντας έμφαση και στην κοινωνική τους διάσταση. Το Μουσείο διαθέτει χώρο Σύγχρονης Τέχνης, όπου τα πρώτα έξι χρόνια της λειτουργίας του (1999 – 2005), έχουν διοργανωθεί εννέα εκθέσεις τέχνης. Επίσης οργανώνει εκθέσεις και εκδηλώσεις με θέματα που άπτονται της σύγχρονης λογοτεχνίας, ποίησης, μουσικής και κάθε μορφής ανθρώπινης έκφρασης, με σκοπό να καλύψει ζητήματα πολιτιστικής και καλλιτεχνικής παραγωγής, να διερευνήσει το διαχρονικό και πολύπλευρο χαρακτήρα του ελληνικού εβραϊσμού και να αποτελέσει ενεργό πολιτισμικό κύτταρο της νεοελληνικής κοινωνίας. Το Ε.Μ.Ε. έχει δημιουργήσει και μια σειρά από περιοδεύουσες εκθέσεις, οι οποίες «ταξιδεύουν» στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.