Τα εκπαιδευτικά προγράμματα αποτελούν για το Ελληνικό Παιδικό Μουσείο τον κορμό της λειτουργίας του από τη στιγμή της ίδρυσής του.
Είναι αποτέλεσμα διεπιστημονικής συνεργασίας, στηρίζονται σε ενεργητικές μεθόδους μάθησης, αναπτύσσονται με βάση τις ανάγκες και δυνατότητες του κοινού, τους περιορισμούς και τις δυνατότητες του χώρου και το αναλυτικό πρόγραμμα του σχολείου και πραγματοποιούνται από ερμηνευτές, ειδικά καταρτισμένους στο αντικείμενο της εκπαίδευσης στο μουσείο. Με βασικά εργαλεία τις ανοιχτές ερωτήσεις και τον καταιγισμό ιδεών, τη γνωστή «αράχνη», το παιδί πρωταγωνιστεί, ο ερμηνευτής συντονίζει και διαμεσολαβεί σε μια δημιουργική, αλληλεπιδραστική διαδικασία μάθησης.
Σκοπός των εκπαιδευτικών προγραμμάτων του Ελληνικού Παιδικού Μουσείου είναι η εξέλιξη των ικανοτήτων κάθε παιδιού ενθαρρύνοντας τη συμμετοχή, την κριτική σκέψη, την πρωτοβουλία και τη δημιουργικότητα.
Οι στόχοι των εκπαιδευτικών προγραμμάτων του Ελληνικού Παιδικού Μουσείου είναι:

• Να εξοικειωθούν τα παιδιά με το μουσειακό χώρο, την πολιτιστική και τεχνολογική κληρονομιά του τόπου μας.
• Να γίνει η επίσκεψη στο Μουσείο μια ευχάριστη εμπειρία προσαρμοσμένη στις ανάγκες και τις δυνατότητες των παιδιών
• Να αναπτυχθούν, μέσα από τα εκθέματα του Μουσείου, οι ικανότητες των παιδιών για παρατήρηση, έρευνα και κατανόηση των αντικειμένων του φυσικού και τεχνητού κόσμου.
• Να εφοδιαστούν τα παιδιά με τρόπους ανεξάρτητης μελέτης και παρατήρησης των εκθεμάτων που θα τους χρησιμεύσουν και σε επόμενες επισκέψεις.

Το Ελληνικό Παιδικό Μουσείο αναπτύσσει από το 1987 διαφορετικούς τύπους εκπαιδευτικών προγραμμάτων που ανανεώνονται κάθε χρόνο με βάση τις ανάγκες και δυνατότητες του κοινού, τους περιορισμούς και τις δυνατότητες του χώρου και το αναλυτικό πρόγραμμα του σχολείου.
Στο πλαίσιο αυτό σχεδιάζει προγράμματα για σχολικές ομάδες, για οικογένειες, αφιερώματα, μουσειοσκευές (εκπαιδευτικά κουτιά που ταξιδεύουν) και εκπαιδευτικά φυλλάδια, προγράμματα προσέγγισης που δημιουργούν γέφυρες επικοινωνίας του μουσείου με το σχολείο, το νοσοκομείο, τα εργοστάσια, την τοπική κοινωνία.